Omawiane wyżej termometry RNA cechują się tym, że segment RNA komplementarny do miejsca wiązania rybosomu jest umiejscowiony na tej samej cząsteczce mRNA, w stosunkowo niedużej odległości, co umożliwia parowanie zasad w obrębie tej samej cząsteczki (regulacja cis). Osobną klasę stanowią termometry RNA podlegające regulacji przez antysensowe sekwencje na innych cząsteczkach RNA, zwykle snRNA (działanie trans). To snRNA podlega transkrypcji niezależnie od transkrypcji genu regulowanego i zwykle może wpływać na kilka innych transkryptów, często we współdziałaniu z wieloma innymi snRNA, tworząc skomplikowany system regulacyjny. Przykładem tak działającego termometru RNA jest regulacja ekspresji genu rpoS pałeczki okrężnicy przez gen dsrA, kodujący krótki, antysensowy DsrA RNA. Gen rpoS koduje jedną z form czynnika sigma: σ38 (RpoS), będącego podjednostką kompleksu polimerazy RNA, uczestniczącą w indukcji transkrypcji genów determinujących przejście komórki bakterii do stacjonarnej fazy wzrostu. Jego stężenie jest większe przy 25 °C niż w wyższych temperaturach, co wynika tego, że jego transkrypcja zależy od liczącego 85 par zasad niekodującego DsrA RNA. Transkrypt DsrA w występuje w dwóch formach, T lub F, z których forma F, będąca pierwotnym transkryptem, zawiera region komplementarny do fragmentu mRNA rpoS.