Choć cząsteczki RNA, których struktura funkcjonalna zależała od temperatury, znano od 1989 roku, termin „termometr RNA” pojawił się dopiero w 1999, kiedy to zastosowano go do określenia cząsteczki RNA rpoH znalezionej u pałeczki okrężnicy. Nowy rozdział w poszukiwaniu struktur regulatorowych odpowiadających termometrom RNA otwarło zastosowanie metod bioinformatycznych, dzięki którym zidentyfikowano kilka potencjalnie nowych cząsteczek termometrów RNA. Tradycyjne metody poszukiwań, bazujące głównie na sekwencjonowaniu, okazały się nieefektywne, jako że drugorzędowa struktura cząsteczki jest znacznie bardziej konserwatywna od sekwencji zasad azotowych.
Występowanie Większość spośród znanych termometrów RNA zidentyfikowano w rejonie 5′ niepodlegającym translacji cząsteczek matrycowego RNA kodujących białka szoku cieplnego u prokariontów. Niektórzy autorzy uważają, że brak informacji o występowaniu termometrów RNA w mRNA innych białek i pozostałych grup systematycznych organizmów nie oznacza, że tam nie występują, a jedynie że wynika to z niedostatecznego rozpoznania genomów i metodycznych trudności w poszukiwaniu krótkich, niekonserwowanych sekwencji RNA.