W styczniu 1660 objął chorągiew pancerną po Mikołaju Światopełku Czetwertyńskim, brał udział w bitwie pod Cudnowem. Trybunał Koronny skazał Stanisławskiego na infamię, jego dobra skonfiskowane w latach poprzednich przekazał król szwagrowi Stanisławskiego Krzysztofowi Koniecpolskiemu, wojewodzie bełskiemu. W instrukcji dla posłów na sejm 1661 szlachta halicka wstawiła się za Stanisławskim, polecając starać się o amnestię dla niego, ponownie wniesiono o amnestię dla niego na sejmiku halickim w lutym 1662, starania o amnestię poparło też wojsko ostatecznie otrzymał amnestię na sejmie w 1662. 9 maja 1663 otrzymał urząd kasztelana sądeckiego. Uczestniczył w kampanii zadnieprzańskiej 1663–1664 Jana Kazimierza przeciw Moskwie. 20 września 1665 otrzymał za zasługi wojenne urząd wojewody kijowskiego. Wyznaczony przez króla na komisarza ze strony dworu, był też deputatem do rozliczenia wydatków poniesionych przez dwór na wojsko. 15 czerwca 1668 uczestniczył w Warszawie w konwokacji senatorskiej, na której król podjął decyzję o abdykacji. Ponieważ 19 czerwca 1668, na zakończenie obrad komisji, podpisał się jako wicemarszałek wojewoda połocki Jan Karol Kopeć, może to świadczyć albo o wcześniejszym wyjeździe Stanisławskiego z Warszawy, albo że wtedy właśnie zmarł.