Od połowy XVI w. blisko do końca wieku XVII świątynia należała do protestantów, jednak użytkowali ją wspólnie wyznawcy obu wyznań. W latach 1632–1637 głosił tu kazania wybitny kaznodzieja i poeta protestancki Jerzy Trzanowski, autor słynnego śpiewnika ewangelickiego pt. Cithara sanctorum. W XVIII w. kościół przebudowano w stylu barokowym. Generalny remont przeszedł on następnie po wielkim pożarze miasta w 1883 r. Najrozleglejszą rekonstrukcję, według projektu M. M. Harminca i J. Záchenskiego, budowla przeszła w latach 1940–1943. Przywróciła ona świątyni wygląd wczesnogotyckiej, pseudobazyliki. Zostały wyeksponowane gotyckie sklepienia, okna, portale. Dobudowane zostały boczne kaplice; witraże do nich projektowali miejscowi artyści: Janko Alexy, Fero Kráľ i Jan Želibský. W ramach prac restauracyjny zostały odkryte pozostałości dawnego muru obronnego z dobudowanymi do niego kramami.