W 1946 przejściowy punkt kontrolny został przeformowany do kategorii C według etatu nr 7/12. Przyjął też statut drogowego PPK. W 1947 przeorganizowany na kategorię D według etatu 7/33. Przyjął też nową nazwę Granicznej Placówki Kontrolnej WOP. W 1948 nastąpiła kolejna reorganizacja Wojsk Ochrony Pogranicza. Oddziały WOP przeformowano w brygady ochrony pogranicza, a GPK WOP Zwardoń przemianowano na Graniczną Placówkę Ochrony Pogranicza i przeformowano według etatu nr 7/74 i nadano jej numer 43. Placówkę przeniesiono na. Łysą Polanę i w 1950 przeformowana została na etat nr 096/27. W 1952 włączona do etatu 3 Brygady WOP.
Jesienią 1965 Graniczna Placówka Kontrolna Łysa Polana weszła w podporządkowanie Komendy wojewódzkiej Milicji Obywatelskiej. Wycofano się z tego rozwiązania w końcu 1971, ponieważ od 1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym pod MSW (pod względem gospodarczym – od 1 stycznia 1972). Do WOP powrócił też cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami granicznymi. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwa. GPK Łysa Polana weszła w podporządkowanie dowódcy 3.