W 1946 Przejściowy Punkt Kontrolny Kostrzyn został przeformowany do kategorii A według etatu nr 7/10. Rozwiązano PPK nr 9, a obsada PPK drogowego weszła w skład PPK nr 8. W marcu 1947 kolejowo–drogowy PPK Kostrzyn wyłączony ze struktur 3. Szczecińskiego Oddział WOP w Szczecinie i włączony do struktur 2. Poznańskiego Oddziału WOP w Krośnie OdrzańskimRozkaz organizacyjny szefa Departamentu WOP nr 013 z 21.03.1947.. W 1947 przyjęły nazwę granicznej placówki kontrolnej WOP.
Zgodnie z rozkazem organizacyjnym MON nr 233/org. z 15.10.1947, 15 listopada 1947 sformowano rzeczne GPK Kostrzyn kategorii D według etatu 7/33 o stanie 17 wojskowych i 1 kontraktowy.
W 1948 nastąpiła kolejna reorganizacja Wojsk Ochrony Pogranicza. Oddziały WOP przeformowano w brygady ochrony pogranicza, a graniczne placówki kontrolne w Kostrzynie przemianowano na Graniczne Placówki Ochrony Pogranicza będące w strukturach 10 Brygady Ochrony Pogranicza: Kolejowo–drogowe – przeformowane według etatu nr 7/51 kategorii A nr 10 Rzeczne nr 9.
W 1950 GPK otrzymała statut przejścia kolejowo–drogowego i etat nr 096/18.