W 1960 w GPK Miłów zlikwidowana została zasadnicza służba wojskowa i GPK Miłów stała się pododdziałem skadrowanym.
1 lipca 1965 WOP podporządkowano Ministerstwu Obrony Narodowej, Dowództwo WOP przeformowano na Szefostwo WOP z podległością Głównemu Inspektoratowi Obrony Terytorialnej. Do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych odeszła cała kontrola ruchu granicznego oraz ochrona GPK. Tym samym naruszono jednolity system ochrony granicy państwowej. GPK Miłów weszła w podporządkowanie Wydziału Kontroli Ruchu Granicznego Komendy Wojewódzkiej Milicji Obywatelskiej, kontrolę graniczną wykonywali funkcjonariusze Milicji Obywatelskiej podlegli MSW.
1 października 1971 WOP został podporządkowany pod względem operacyjnym, a od 1 stycznia 1972 pod względem gospodarczym MSW. Do WOP powrócił cały pion kontroli ruchu granicznego wraz z przejściami. Przywrócono jednolity system ochrony granicy państwowej. GPK Miłów podlegała bezpośrednio pod sztab Lubskiej Brygady WOP w Krośnie Odrzańskim.
Po rozformowaniu Lubuskiej Brygady WOP, 1 listopada 1989 GPK Miłów została włączona w struktury Łużyckiej Brygady WOP w Lubaniu i tak funkcjonowała do 15 maja 1991.