Po 1990 zdecydowana większość cerkwi przejętych wówczas przez Patriarchat Moskiewski ponownie przeszła w ręce odrodzonej Cerkwi greckokatolickiej lub do Patriarchatu Kijowskiego. 22 stycznia 1990 r. na soborze w Haliczu większość prawosławnych wyszło z jurysdykcji Patriarchatu Moskiewskiego. Pierwszym biskupem nieuznającej jego zwierzchności eparchii iwano-frankiwskiej został Andrzej (Abramczuk). W 1992 r. administratura dołączyła do Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Kijowskiego. W październiku 1995 r. biskup Andrzej (Abramczuk) z niewielką liczbą kapłanów i wspólnoty przeniósł się do Ukraińskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego.
W 1997 w obwodzie Iwanofrankowskim z eparchii iwano-frankiwskiej wyodrębniła się eparchia kołomyjsko-kosowska.
Po podziale parafii i dekanatów w eparchii iwano-frankiwskiej pozostało 11 dekanatów: bohorodczański, bołechowski, halicki, doliński, iwanofrankiwski, kałuski, rohatyński, rożniatowski, śniatyński, tłumacki, tyśmienicki.