Budowa i paleobiologia thumb|Żuchwa C. stenognathus widziana od strony grzbietowej i brzusznej Czaszka Caipirasuchus paulistanus dzieli się na dwie główne części – wąski pysk i wysoką część tylną, w której znajdowały się miejsca przyczepu stosunkowo silnych mięśni odpowiadających za zaciskanie szczęk. Przednia część uzębienia, ze stożkowatymi zębami, prawdopodobnie odpowiadała za chwytanie pożywienia, a tylna, gdzie znajdowały się okludujące zęby o trójkątnej koronie, w większym stopniu za jego obróbkę niż chwytanie. Nozdrza zewnętrzne były skierowane ku przodowi, co wskazuje na lądowy tryb życia. Podobnie jak inne zaawansowane Notosuchia, Caipirasuchus cechował się heterodontyzmem – występowały u niego zęby odpowiadające siekaczom, kłom i trzonowcom. U C. stenognathus obecny jest również „ząb przejściowy”, większy od zębów siekaczopodobnych, lecz mniejszy od zębów podobnych do trzonowców (molarokształtnych).