Wiosną 2012 Mejía został ściągnięty przez Juana Carlosa Osorio – swojego byłego szkoleniowca z Once Caldas – do prowadzonej przez niego drużyny Atlético Nacional z siedzibą w Medellín. Tam jako podstawowy piłkarz w 2012 roku wywalczył krajowy puchar – Copa Colombia oraz superpuchar – Superliga Colombiana. W wiosennym sezonie Apertura 2013 zdobył z Atlético Nacional swoje pierwsze mistrzostwo Kolumbii i sukces ten powtórzył również pół roku później, w jesiennych rozgrywkach Finalización 2013. W tym samym roku po raz drugi zdobył puchar kraju, zaś w sezonie Apertura 2014 wywalczył trzeci z rzędu tytuł mistrza Kolumbii, zajął drugie miejsce w superpucharze oraz dotarł do finału drugich co do ważności rozgrywek Ameryki Południowej – Copa Sudamericana. Ponadto po odejściu Macnelly'ego Torresa został wybrany kapitanem zespołu. Jego świetne występy zaowocowały powołaniami do reprezentacji i zainteresowaniem europejskich klubów.