Ma to swoje historyczne uzasadnienie w przebiegu podbojów Cyrusa, podczas których odebrane Krezusowi Sardes stało się ważną twierdzą i punktem wypadowym Persów na cały obszar Azji Mniejszej.
Jednym z głównych inicjatorów powstania był ten sam Histiajos, który odmówił wystąpienia przeciw Persom podczas wycofywania się zza Dunaju. Wówczas bronił on – jak podaje Herodot – własnego interesu, gdyż po upadku hegemonii Perskiej Milet z pewnością wybrałby demokrację, obalając tyrana. Jednak w zamian za pomoc okazaną podczas wyprawy przeciw Scytom Histiajos otrzymał posiadłość w Myrkinos w Tracji, która zapewniała mu dochody większe, niż tyrania w Milecie. W ten sposób Persowie niechcący usunęli podstawową więź łączącą go z ich hegemonią. Megabazos, który był w owym czasie dowódcą wojsk perskich w Jonii, uprzedził Dariusza o niebezpieczeństwie, jakie stanowi Histiajos i król postanowił dla bezpieczeństwa trzymać go przy sobie, na dworze w SuziePor. Herodot, Dzieje, V.26.. Histiajos jednak znalazł sposób, by wszcząć powstanie w miastach Jońskich. Dokonał tego przez swego zięcia – Aristagorasa, któremu przesłał wiadomość wytatuowaną na głowie ogolonego uprzednio niewolnika.
Aristagoras posłał po pomoc do Sparty i Aten.