8 listopada 1943 stupa została całkowicie zniszczona podczas bombardowania Rangunu przez Brytyjczyków. Za radą astrologów odbudowę pagody rozpoczęto 8 stycznia 1948 (dzień odzyskania niepodległości przez Birmę) o godzinie 08:45 rano ceremonią jednoczesnego wbicia w grunt pięciu złotych kołków. Po oznaczeniu w ten sposób miejsca budowy rozpoczęto uprzątanie terenu z gruzu. W trakcie tych prac odzyskano wiele srebrnych i brązowych wizerunków, monet i ornamentów, które były wystawione na widok publiczny w pagodzie przed jej zniszczeniem. Podczas wykonywania wykopu pod fundamenty budynku, na głębokości ok. metra odkryto komorę o wymiarach podstawy ok. 6 x 6 m i wysokości 1,82 m, zwężającą się ku górze. Wewnątrz znaleziono szkatułę z relikwiarzem. Odkrycie relikwii miało doniosłe znaczenie, gdyż zostało potraktowane jako potwierdzenie prawdziwości birmańskich legend podważanej przez brytyjskich historyków ery kolonialnej. Odbudowa pagody zajęła 6 lat.
Obecnie pagoda Botahtaung należy do najważniejszych obiektów religijnych Rangunu. W 1994 wystawiono w niej pożyczoną z Chin relikwię zęba Buddy.