W latach 1940–1942 włoskie i niemieckie lotnictwo przeprowadziło 21. nalotów na rafinerię. Spowodowały one poważne szkody, jednak nie zamknięto instalacji produkcyjnych. Brytyjczycy stworzyli wówczas rozbudowany system obrony przeciwlotniczej, obejmujący stanowiska artylerii przeciwlotniczej, eskadry lotnictwa myśliwskiego, balony zaporowe i zasłony dymne. Po wojnie, w 1947 roku rafineria osiągnęła pełne zdolności produkcyjne, a Brytyjczycy planowali budowę drugiego ropociągu z Iraku. Decyzje to wstrzymał nasilający się konflikt izraelsko-arabski.
W dniu 30 marca 1947 roku członkowie żydowskiej podziemnej organizacji paramilitarnej Lechi pod osłoną nocy przedostali się na teren rafinerii, wysadzając trzy duże zbiorniki. Ogień przeniósł się następnie na sąsiednie zbiorniki stokażowe, powodując pożar jedenastu dużych zbiorników. Ogień płonął kilkanaście dni, powodując bardzo wysokie straty finansowe. Brytyjskie władze mandatowe nałożyły wówczas w Mandacie Palestyny specjalną dodatkową opłatę doliczaną do każdego litra paliwa. W ten sposób zrekompensowana straty poniesione przez spółkę Consolidated Refineries Limited.