W końcu lipca 1921 do garnizonu przybyły kompanie, które miały tworzyć XXIX batalion saperów. Do batalionu zostały wcielone: 4-a kompania 1 batalionu saperów, jako 2-a kompania, i 2-a kompania XIX batalionu saperów jako 1-a, których dzieje wojenne zostały już podane poprzednio. W skład batalionu wchodziła czasowo jeszcze "5-a kompania I batalionu saperów, przeniesiona następnie do XIX batalionuTadeusz Wejtko, Zarys Historii Wojennej ..., s. 21-22.. Ta sformowana 1 kompania przez podchorążego Węglińskiego w czerwcu 1920 podczas odwrotu i kontrofensywy pracowała nad ufortyfikowaniem linii Bugu i WisłyWacław Damrosz, Antoni Frelich, Jednodniówka ..., s. 5..
W 1929, w związku z wprowadzeniem nowej organizacji pokojowej saperów, 3 pułk Saperów Wileńskich został przeformowany w 3 batalion Saperów Wileńskich, a XXIX bsap został rozwiązanyTadeusz Wejtko, Zarys Historii Wojennej ..., s. 4..
Żołnierze batalionu Dowódcy batalionu kpt. Tadeusz Wasilewski mjr Jabłoński mjr Zygmunt Mieczysław Górka (do VI 1925)