Po wybuchu II wojny światowej podczas kampanii wrześniowej oddział od 13 września 1939 uczestniczył w walkach na Suwalszczyźnie, a 13 września 3 batalion został wraz z 3 pułkiem piechoty KOP przetransportowany na Wołyń w rejon Równe-Kostopol, gdzie po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 uczestniczył w walkach z wojskami sowieckimi. 21 września Bronisław Najdzicz został ranny w Kołkach nad rzeką Styr. 23 września w rejonie wsi Radoszyn pułk skapitulował. 24 września Najdzicz został aresztowany przez Sowietów. Był przetrzymywany w obozie w Kozielsku (jego pobyt potwierdził kpt. Tadeusz Dyderski; w tym czasie B. Najdzicz nadesłał do rodziny pocztówkę i w marcu 1940 list). Na wiosnę 1940 został zabrany do Katynia i tam został rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Został pochowany na Polskim Cmentarzu Wojennym w KatyniuKsięgi Cmentarne – wpis 2491., gdzie w 1943 jego ciało zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 3838 (przy zwłokach Bronisława Najdzicza została odnaleziona połowa znaku tożsamości z jego nazwiskiem).