Jako jedyny z zarządu Strzelca nie zginął prof. Tadeusz Ways z powodu niemieckiego brzmienia swojego nazwiska. Nie przyjął jednak niemieckiego obywatelstwa, za co został zesłany do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen i przebywał tam aż do czasu wyzwolenia przez Amerykanów.
W czasie okupacji w obozach koncentracyjnych zostali zamordowani także piłkarze Polonii m.in.: 29-letni Bolesław Ostrowski, 27-letni Henryk Pawelec, 20-letni Stanisław Pawelec, 29-letni Wacław Kiepas, 39-letni Józef Zięba oraz Edward Łyżwiński. W szeregach Armii gen. Andersa walczył za to Michał Leśnikowski, który po wojnie nie powrócił do Iłży, a osiadł w Szkocji.
W marcu 1945 roku reaktywowano działalność sportową pod nazwą “Iłżeckie Koło Sportowe”, wybrano nowy zarząd, na którego czele stanął Franciszek Kacperski. W kwietniu przystąpiono do odbudowy płyty boiska, a już w maju rozegrano na niej pierwsze mecze towarzyskie. Po reaktywacji PZPN, IKS został zgłoszony do rozgrywek Radomskiego OZPN. Pierwszym powojennym trenerem został Tadeusz Tomikowski.