W listopadzie 1995 Komendant Główny Straży Granicznej podjął decyzję o przeniesieniu Archiwum SG w Kętrzynie do Szczecina i przeznaczeniu na potrzeby archiwalne budynku koszarowego nr 2 w kompleksie Pomorskiego Oddziału Straży Granicznej w Szczecinie przy ulicy Żołnierskiej 4. Dopiero 5 lat później w styczniu 2000 czterema konwojami samochodowymi przewieziono prawie 2,5 km akt, które umieszczono w przystosowanych dla potrzeb archiwum magazynach przy ul. Żołnierskiej 4 w Szczecinie.
W 2005, Archiwum Straży Granicznej weszło w skład Biura Ochrony Informacji Niejawnych Komendy Głównej SGZarządzenie nr 61 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 17.12.2004 zmieniające zarządzenie w sprawie regulaminu organizacyjnego Biura Ochrony Informacji Niejawnych Komendy Głównej Straży Granicznej oraz uchylające zarządzenie w sprawie regulaminu organizacyjnego Archiwum Straży Granicznej ()..
Zadania Archiwum SG Archiwum realizuje zadania w zakresie przyjmowania i gromadzenia, ewidencjonowania i udostępniania materiałów archiwalnych. Jest również jednostką charakterze tzw. urzędu wiary publicznej, wydając wszelkiego rodzaju odpisy, wypisy, zaświadczenia dla udokumentowania np. spraw emerytalnych byłych funkcjonariuszy i pracowników cywilnych.