Kościół podzielony jest na trzy nawy, każda zwieńczona półokrągłą apsydą. Nawa główna oddzielona jest rzędami masywnych filarów, które ozdobione są różnorodnymi formami. Na tych filarach spoczywają potężne półokrągłe łuki. Dach kościoła oparty jest na dekoracyjnym belkowaniu, którego oryginalny fragment wystawiony jest w lewej nawie. Do prezbiterium dociera się przez rampę. Ozdobione jest ono niszami leżącymi na ławie biegnącej przez całą długość apsydy. W niszach zobaczyć można piętnastowieczne freski, przedstawiające w centrum krucyfiks, po bokach śś. Piotra i Pawła. Na lewej ścianie prezbiterium znajduje się renesansowe marmurowe tabernakulum, noszące inskrypcję z imieniem fundatora, biskupa Noli, Vincenza Boverio (biskup w latach 1506-1519, krewny papieża Juliusza II). Na prawo od ołtarza stoi tron biskupi (z 1239 r.), z wyrytym herbem biskupa Noli, Paola Giustinianiego (biskup w latach 1459-1485). Do krypty zejść można jedną z dwóch klatek schodowych usytuowanych po obu stronach prezbiterium. Wzniesiona została ona w XI w. podczas konstrukcji kościoła romańskiego. Wcześniej w tym miejscu stały dwie proste kapliczki, datowane na IV-V w., zbudowane bezpośrednio na piaszczystym gruncie (wtedy podłoga krypty była poziomem gruntu, ok.