Ekspansja Kongregacji Lombardzkiej i przejmowanie przez nią konwentów - siedzib inkwizytorskich, doprowadziła do stopniowego wypierania zakonników z obu prowincji konwentualnych ze sprawowania urzędu inkwizycji. Ostatni inkwizytor z prowincji dolnolombardzkiej został odwołany z urzędu w 1514, a w 1531 papież Klemens VII zdecydował, że obie konwentualne prowincje zostały zredukowane do statusu wikariatów: Lombardia Górna stała się wikariatem św. Piotra Męczennika, a Lombardia Dolna wikariatem św. Dominika. Natomiast Kongregacja Lombardzka została przekształcona w regularną prowincję zakonną, zwaną "prowincją Obojga Lombardii"Tavuzzi, s. 23-27, 209..
Inkwizytorska prowincja Lombardii i Marchii Genueńskiej początkowo nie była podzielona na stałe okręgi. Pierwsze ślady podziału prowincji na okręgi pochodzą wprawdzie już z XIII wieku, ale punktem zwrotnym w organizacji terytorialnej był prawdopodobnie podział lombardzkiej prowincji zakonnej dominikanów na Górną i Dolną Lombardię w 1303/04. Od tej pory inkwizytorzy mianowani w jednej prowincji zakonnej nie działali na terenie drugiej, a w obrębie własnych prowincji przydzielano im mniejsze okręgi. Proces sedentaryzacji inkwizytorów lombardzkich i rozgraniczania poszczególnych okręgów jest jednak trudny w uchwycenia w źródłach.