Choroba postępuje z czasem, nieodwołalnie doprowadzając do śmierci chorego.
Znacznie rzadziej występuje niedobór podjednostki E2 – opisano jedynie pojedyczne przypadki takiej wady.
Niedobór E3 wyróżnia się obecnością dodatkowych objawów w postaci podwyższenia stężenia α-ketoglutaranu oraz ketokwasów gromadzących się w chorobie syropu klonowego.
Pronicka wymienia następujące objawy najczęstszej, noworodkowej postaci choroby: ciężka hipotonia brak odruchów fizjologicznych drgawki dysmorfia twarzy (czoło wąskie, nasada nosa szeroka, nozdrza skierowane ku przodowi) małogłowie niekiedy torbiel przegrody przezroczystej i inne wady mózgu.
Poza tym wśród objawów okresu niemowlęcego podaje: postępujące zmiany ośrodkowego układu nerwowego i mięśni, jak opadanie powiek ograniczenie ruchomości gałek ocznych retinopatia barwnikowa bezdech napadowy polidystrofię Alpera podostrą postępującą encefaalomiopatię Leigha. W przypadków starszych dzieci wskazane źródło podaje postępującą ataksję.