Linneusz w wydanym w 1758 roku Systema Naturae wyróżnił zaledwie trzy działy motyli: Papilio, Sphinx i Phalaena z 7 podgrupami. Jedna z późniejszych koncepcji dzieliła motyle na dwa podrzędy: jarzemkowców (Jugatae), czyli równoskrzydłych (Homoneura) oraz wędzidełkowców (Frenatae), czyli różnoskrzydłych (Heteroneura). Kolejny podział wprowadził w 1925 i 1939 Borner. Podzielił on motyle, w zależności od morfologii genitaliów samic, na dwa podrzędy: Monotrysia oraz Ditrysia. Do koncepcji, które upadły z powodu braku monofiletyzmu jednej z grup, należą też podziały na: Microlepidoptera i Macrolepidoptera oraz na Heterocera i Rhopalocera.
Współcześnie wyróżnia się 4 podrzędy motyli oraz kilka wymarłych rodzin wczesnych motyli nieprzypisanych do żadnego z nich. Poniższy podział przyjęty został do poziomu rangi rodziny za pracą E. J.