W roku 2008 w skład przedsiębiorstwa zostały włączone PKS w Piasecznie i PKS w Nowym Dworze Mazowieckim. Uruchomiona została również możliwość internetowego zakupu biletów.
W 2011 roku Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy, XII Wydział Gospodarczy przekształcił przedsiębiorstwo państwowe w spółkę prawa handlowego. Od daty rejestracji, tj. 01.02.2011 roku, spółka działa pod nazwą Przedsiębiorstwo Komunikacji Samochodowej „Polonus” w Warszawie Spółka Akcyjna.
Działalność Spółka powstała w wyniku komercjalizacji Państwowej Komunikacji Samochodowej w Warszawie 15 grudnia 2010. Rozpoczęła działalność 1 lutego 2011 pod nadzorem Ministra Skarbu Państwa.
Od 1 lipca 2008 roku w skład przedsiębiorstwa włączone zostały PKS w Nowym Dworze Mazowieckim i Piasecznie. Po połączeniu PKS Polonus stał się największym przewoźnikiem na Mazowszu zatrudniając ponad 193 osoby. Działalność spółki prowadzona jest w oparciu o bazy w Nowym Dworze Mazowieckim, Piasecznie i Warszawie oraz w oparciu o strukturę Dworca Warszawa Zachodnia.
Z baz Piaseczno i Nowy Dwór Mazowiecki realizowane są połączenia lokalne obsługujące część aglomeracji warszawskiej. Flota autokarów PKS Polonus wyposażona jest w standard Wi-Fi oraz w moduły umożliwiające geolokalizację autokarów.