Administrator kolonialny Po opuszczeniu armii krótko zasiadał w komitecie ds. reorganizacji Ministerstwa Wojny, po czym otrzymał nominację na gubernatora Wiktorii. W 1903 jego kadencja została przedwcześnie przerwana, ponieważ został wezwany do Londynu, gdzie wrócił na stanowisko wysokiej rangi cywilnego urzędnika Ministerstwa Wojny. W 1907 ponownie znalazł się w służbie kolonialnej jako gubernator Bombaju. W 1913 przeszedł na emeryturę.
Późniejsze życie Wkrótce po powrocie do Anglii Clarke został kreowany dziedzicznym członkiem Izby Lordów jako baron Sydenham of Combe (potocznie lord Sydenham). W latach 1913–1915 przewodniczył komisji królewskiej badającej problem rozprzestrzeniania się chorób wenerycznych. Z kolei w latach 1915-1916 stał na czele trybunału rozpatrującego odwołania od decyzji komisji poborowych w całym kraju. Do końca życia pozostał aktywnym parlamentarzystą i publicystą, z wiekiem przyjmując coraz bardziej konserwatywne poglądy. Zmarł w lutym 1933 w wieku 84 lat. Był bezdzietny, wobec czego jego tytuł lordowski wygasł wraz z jego śmiercią.