Ogłoszenie Wrocławia twierdzą (Festung Breslau) i walki z Armią Czerwoną w okresie I - V 1945 doprowadziły do likwidacji Ogrodu i śmierci większości, zwłaszcza dużych (lub niebezpiecznych) zwierząt w Ogrodzie, które zostały zastrzelone z rozkazu władz niemieckichWanda Dybalaska "Rozstrzelany zwierzyniec, czyli zagłada wrocławskiego zoo" Gazeta Wyborcza 20 02 2015. Do czerwca 1945 przetrwało jednak około 200 zwierząt, którymi wciąż opiekował się Schlott. W czerwcu zostały one wywiezione do innych polskich ogrodów zoologicznychMaciejewska B. 2013: Szaber w majestacie prawa. Gazeta Wyborcza (edycja wrocławska), 4 X 2013 r. .
Od końca czerwca 1945 r., w związku ze zlikwidowaniem miejscowego Zoo, Schlott pracował w innych miejscach, m.in. we wrocławskim muzeum zoologicznym, a po wyjeździe z Wrocławia w marcu 1946 r. pracował w Zoo w Hanowerze, a od 1947 do zgonu był dyrektorem Zoo w Wuppertalu.
Opublikował m.in. przewodnik po wrocławskim Zoo "Führer durch den zoologischen Garten zu Breslau", wyd. Aktien-Gesellschaft Breslauer