Później przedwcześnie zakończył karierę reprezentacyjną z uwagi na brak zgody ze strony władz PRL wydania dokumentów przed wyjazdem do Wielkiej Brytanii (przyczyną miał być akt urodzenia Nowakowskiego we Francji). W kolejnych latach nadal reprezentował Stal Mielec.
Pod koniec czynnej kariery zawodniczej, zakończonej w 1962, był równolegle instruktorem grup młodzieżowych w klubie. W 1968 został trenerem w sekcji pięściarskiej Stali Sanok i pełnił funkcję przez kolejne lata. Był szkoleniowcem seniorów i juniorów, a ponadto pracował w Sanockiej Fabryce Autobusów „Autosan”. Jako trener pracował w Sanoku przez 24 lata (w tym czasie czasowo był przez 1,5 roku szkoleniowcem w Avii Świdnik od 1977 przez jeden sezon, w 1980 ponownie został szkoleniowcem Stali). W kwietniu 1983, po 15 latach pracy, zrezygnował z funkcji trenera pięściarskiej drużyny seniorów Stali Sanok, występującej wówczas w II lidze (na stanowisku trenera został zastąpiony przez Józefa Sołdryka). W późniejszych latach trenował młodych adeptów pięściarstwa w Stali Sanok. Wśród jego sanockich wychowanków byli m.in. Waldemar Wójcik (wicemistrz Europy), Stanisław Bednarz (wicemistrz Polski juniorów), Jan Sybilla, Antoni Rakoczy, Adam Wiszyński, Antoni Pankiewicz, Jan i Wiesław Florczak. W 1985 zasiadł w sądzie koleżeńskim ZKS Stal Sanok.