Kariera reprezentacyjna Rafał Krzyśka w 2010 roku wziął udział w Akademickich Mistrzostwach Świata, w których Polska zajęła 5. miejsce. Po raz pierwszy do reprezentacji Polski A powołany został w 2013 na eliminacje do Mistrzostw Europy. 16 listopada 2013 Krzyśka wpisał się na listę strzelców w meczu z Gibraltarem. Mecze w reprezentacji Polski +l.p.Data Miejsce Przeciwnik Rezultat Rozgrywki Uwagi1.21 listopada 2006Larnaka4:3towarzyski2.23 listopada 2006Nikozja5:2towarzyski3.27 marca 2013Zrenjanin 0:2 el. ME4.28 marca 2013Zrenjanin 2:5 el. ME5.30 marca 2013Zrenjanin 3:4 el. ME6.2 września 2013Gyor 2:1 towarzyski7.3 września 2013Gyor 0:3 towarzyski8.4 września 2013Gyor 3:5 towarzyski9.29 października 2013Bydgoszcz 2:2 towarzyski10.30 października 2013Świecie 1:5 towarzyski11.16 listopada 2013Krosno 13:1 towarzyski12.17 listopada 2013Krosno 4:1 towarzyski13.19 listopada 2013Krosno 3:5 towarzyski14.23 kwietnia 2014Lublin 3:3 towarzyski15.24 kwietnia 2014Chełm 5:4 towarzyski16.9 maja 2014Krosno 5:1 towarzyski17.10 maja 2014Krosno 3:1 towarzyski18.18 marca 2015Krosno0:0el. ME19.19 marca 2015Krosno2:3el. ME20.21 marca 2015Krosno3:6el.