pod koniec swojego tam pobytu był prefektem studiów wyższych. Od 1682 roku był kierownikiem studiów w kolegium Św. Piotra w Krakowie, a następnie rektorem nowicjatu. Ostatnim jego miejscem pobytu było kolegium w Poznaniu, dokąd przybył pod koniec 1689 roku. Do roku 1696 był jego rektorem, po czym zrezygnował i pozostał jedynie spowiednikiem kolegium.
Równolegle do pracy nauczycielskiej w kolejnych kolegiach Jan Morawski publikował liczne dzieła teologiczne w języku łacińskim i polskim. Dzięki tej działalności został zauważony przez króla Jana III Sobieskiego, co zaowocowało licznymi powołaniami do prowadzenia dysput z innowiercami. Był także deputatem prowincji polskiej jezuitów na XIII kongregację generalną w Rzymie w 1687 roku. Dzięki zdobytemu zaufaniu generała Tirso Gonzáleza otrzymał w 1688 roku zadanie napisania raportu o stanie polskiej prowincji zakonu.