Kontrreformacja spowodowała, że Austria z powrotem stała się katolicka. Dokonało się to przy użyciu przemocy, np. Wolfgang Brandhuber i jego siedemdziesięciu zwolenników zostało straconych w Linzu w 1528 roku z powodu ich wiary w Biblię. Inni ukrywali się przed prześladowaniami, a około stu tysięcy protestantów było zmuszonych do ucieczki na Węgry i do Siebenbürgen (Transylwania), w Rumunii.
Prześladowania protestantów trwały aż do XVIII wieku. Ten ciemny okres historii chrześcijaństwa w Austrii dobiegł końca 13 października 1781, kiedy cesarz Józef II, zarządził "ustawę tolerancji". Akt ten dał pełną wolność religijną dla protestantów, choć katolicka twierdza Tyrolu przyjęła tę ustawę dopiero ponad sto lat później.
Obecna sytuacja thumb|250px|Ewangelicki Kościół Zbawiciela w Jenbach. Według badań przeprowadzonych przez Pew Research Center w 2010 roku w Austrii było 430 000 protestantów (5,1% ludności). W 2013 roku uznany przez państwo austriackie został kolejny kościół protestancki Wolne Kościoły w Austrii (ponad 20.000 wiernych) – który powstał jako związek kilku wspólnot nurtu ewangelicznego. Nurt ewangeliczny obejmuje w Austrii 43 tys. osób (0,5%).