Kiedy Saunière przybył do Rennes-le-Château miejscowy kościółek pod wezwaniem Św. Marii Magdaleny był w fatalnym stanie i wymagał natychmiastowego remontu. Ponieważ ani wcześniejsi proboszczowie ani władze wioski nie posiadały wystarczających środków finansowych na jego renowację, popadał on w coraz większą ruinę. Dopiero Saunière rozpoczął serię napraw. Przeprowadził je według zaleceń sporządzonych przez architekta Guirauda Calsa jeszcze w 1853 roku. Odnowił m.in. prezbiterium oraz wewnętrzną jak i zewnętrzną stronę kościoła. W lipcu 1887 roku Marie Cavailhé ofiarowała nowy ołtarz o wartości 700 franków. W tym samym roku ksiądz zamówił witraże, których koszt wyniósł 1350 franków i których spłatę rozłożył na trzy raty.
W listopadzie 1896 r. zlecił znanemu rzeźbiarzowi i malarzowi Giscardowi z Tuluzy ozdobienie kościoła nowymi posągami świętych, wykonania stacji Drogi krzyżowej, chrzcielnicy oraz płaskorzeźby do konfesjonału. Jedną z wykonanych przez niego rzeźb był diabeł podtrzymujący aspersorium i triumfujące nad nim anioły czyniące znak krzyża. Umieszczono również inskrypcję „BS and Par Ce Signe Tu Le Vaincras” (Przez ten znak go zdobędziesz).