1 grudnia 1998 Decyzją nr 34 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 5 sierpnia 1998, Strażnica SG w Soblówce włączona została w struktury Karpackiego Oddziału Straży Granicznej w Nowym SączuDecyzja nr 34 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 5.08.1998 w sprawie powołania zespołów do spraw nadzoru nad likwidacją Beskidzkiego OSG oraz rodzajów czynności likwidacyjnych. Polecił w niej przekazać podległe jednostki organizacyjne, majątek i sprzęt komendantom Karpackiego OSG i Śląskiego OSG..
W wyniku rozpoczętej od 2000 reorganizacji struktur Straży Granicznej związanej z przygotowaniem Polski do wstąpienia, do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen, wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego. W wyniku tego, w 2005 Strażnica SG w Soblówce została zlikwidowana. Ochraniany przez strażnicę odcinek granicy państwowej, przejęła Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Korbielowie (GPK SG w Korbielowie).