Klasztor w swych dziejach był wielokrotnie niszczony: najpierw w 1659 r. przez Tatarów, w 1670 r. mnichów dosięgła epidemia dżumy, a dwa lata potem ponownie został najechany przez Tatarów - wówczas jednak klasztor się obronił. Obrońcami dowodzili Petro Doroszenko i Iwan Mazepa. Na początku XVIII w. klasztor hojnie obdarował car Piotr I, który w tej okolicy spotkał się z królem polskim Augustem II. W 1721 krechowscy mnisi przyjęli unię i rozpoczęli wznoszenie nowych, murowanych obiektów.
Po II wojnie światowej był tu dom dziecka. W 1949 r. władze ZSRR ostatecznie zamknęły klasztor i utworzyły szkołę rolniczą i magazyn. W 1990 kompleks budynków monasterskich zwrócono bazylianom.
Wyposażenie W klasztorze znajdują się dwie ikony, uznawane przez pielgrzymów za cudowne: św. Mikołaja (przywieziona tu według tradycji przez założyciela – mnicha Joela) oraz Matki Boskiej Werchrackiej (Werchracka Ikona Matki Bożej), które na początku lat 90. wróciły do krechowskiego klasztoru. Według Słownika Geograficznego w klasztorze przechowywano oryginalne przywileje z własnoręcznymi podpisami królów Polski: Władysława IV, Jana Kazimierza, Michała Korybuta Wiśniowieckiego i Jana III Sobieskiego, opatrzone wielkimi pieczęciami.