Ukończył Gimnazjum Klasyczne im. Św. Jacka w Krakowie w 1891 r. Dyplom doktora wszech nauk lekarskich uzyskał na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Jagiellońskiego 31 marca 1897 r. W 1900 r. został asystentem Kliniki Laryngologicznej UJ w szpitalu Powszechnym Św. Łazarza. Studia z dziedziny otiatrii uzupełniał w klinice prof. Adama Politzera w Wiedniu. Habilitował się 31 stycznia 1906 w dziedzinie laryngologii, rynologii i otiatrii na podstawie wykładu habilitacyjnego pt. „Migdałki jako wrota zakażenia”. Został pierwszym w kraju docentem otiatrii. Profesorem tytularnym został mianowany 14 kwietnia 1910 r. Nominację na rzeczywistego profesora nadzwyczajnego otolaryngologii otrzymał 31 lipca 1919 r.
W latach 1916–1919 kierował Kliniką Laryngologiczną UJ. Od 1920 r. pracował jako kierownik Kliniki Otologicznej.
Żonaty z Zofią Browicz (1888-1964). Pochowany w grobowcu rodzinnym Nowotnych na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera Z, płn.). thumb|240px|Grób Franciszka i Juliana Nowotnych na cmentarzu Rakowickim