Od 15 marca 1954 wprowadzono nową numerację strażnic, a cedyńska strażnica otrzymała nr 54 w skali kraju. W czasie kolejnej reorganizacji strażnica została przekazana 121 batalionowi WOP.
W 1956 rozpoczęto numerowanie strażnic na poziomie brygady, a w marcu 1956 54 strażnica WOP Cedynia powróciła do 122 batalionu Chojna i została przeformowania na 1 strażnicę WOP Cedynia kategorii II. Po reorganizacji 122 batalionu WOP Chojna w 1958, strażnica Cedynia posiadała numer 5.
1 stycznia 1960, 25 strażnica WOP Cedynia IV kategorii była w strukturach 122 batalionu WOP Chojna. Rozkazem organizacyjnym dowódcy WOP nr 0148 z 2.09.1963 przeformowano strażnicę lądową kategorii IV Cedynia na 17 strażnicę WOP rzeczną kategorii I. Lata 60., w skład obsady strażnic włączono załogi jednostek pływających, a wiec sterników i motorzystów, którzy tym samym wzmocnili kadrę techniczną. 1 stycznia 1964, 17 strażnica WOP Cedynia rzeczna I kategorii była w strukturach ww. batalionu w Chojnie.
Od stycznia 1968 strażnica w Cedyni podlegała bezpośrednio dowódcy 9 Pomorskiej Brygady WOP.