Rolę decyzyjną w KBN pełnił jej komitet, w którym większość (13 osób z 19) mieli przedstawiciele środowisk nauki. Organami komitetu było 12 zespołów zajmujących się poszczególnymi dziedzinami nauki. Członkowie tych zespołów byli wybierani przez wszystkich pracowników nauki w Polsce, posiadających minimum stopień naukowy doktora. Członkowie tych zespołów mieli decydujący wpływ na przyznawanie grantów na określone projekty badawcze.
Przewodniczący Komitetu Badań Naukowych Witold Karczewski (22 marca 1991 – 6 marca 1995) Przewodniczący KBN (kierujący Urzędem Komitetu Badań Naukowych) (22 marca 1991 – 6 marca 1995) Aleksander Łuczak (7 marca 1995 – 31 października 1997) Wiceprezes Rady Ministrów, Przewodniczący KBN (kierujący Urzędem Komitetu Badań Naukowych) (7 marca 1995 – 7 lutego 1996) Przewodniczący KBN (kierujący Urzędem Komitetu Badań Naukowych) (7 lutego 1996 – 31 października 1997) Andrzej Wiszniewski (31 października 1997 – 19 października 2001) Przewodniczący KBN (kierujący Urzędem Komitetu Badań Naukowych) (31 października 1997 – 19 października 1999) Przewodniczący KBN, Minister Nauki (kierujący Urzędem Komitetu Badań Naukowych) (19 października 1999 – 19 października 2001) Michał Kleiber (19 października 2001 – 5 lutego 2005) Przewodniczący KBN, Minister Nauki (kierujący Urzędem Komitetu Badań Naukowych)