Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę na terenach wschodnich II Rzeczypospolitej został aresztowany przez Sowietów w niewyjaśnionych okolicznościach. Był przetrzymywany w obozie w Kozielsku. W kwietniu 1940 r. (w ocalałych pamiętnikach, które w obozie pisał inny jeniec, także pochodzący z Sanoka Zbigniew Przystasz, znalazł się wpis z 5 kwietnia 1940 r. informujący o wcześniejszym wywiezieniu Władysława Goduli, dosł odczytano jego nazwisko jako Cudula) został zabrany do Katynia i rozstrzelany przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940 r. Jest pochowany na Polskim Cmentarzu Wojennym w Katyniu.
thumb|left|240px|Kamień przy Dębie Pamięci honorującym Władysława Godulę w Sanoku thumb|Inskrypcja upamiętniająca symbolicznie Władysława Godulę na grobowcu rodziców w Sanoku