24 stycznia 1590 polski prowincjał Towarzystwa Jezusowego zwrócił się do generalnego przełożonego z prośbą o odroczenie budowy kopuły kościołów w Nieświeżu (kościół Bożego Ciała) i Jarosławiu oraz kaplicy w Lublinie. Giuseppe Brizio powrócił do Polski latem 1591, przebywał w Lublinie i Nieświeżu, do Jarosławia przybył 5 stycznia 1592, kierował tam budową kolegiaty św. Jana (obecnie Kolegiata Bożego Ciała w Jarosławiu, która została konsekrowana 24 kwietnia 1594. W międzyczasie stworzył dwa niezrealizowane projekty, jeden dotyczył rozbudowy klasztoru przy kościele św. Barbary w Krakowie, drugi budowy kościoła i domu prowincjalnego przy krakowskim Rynku. Latem 1594 przebywał w Kaliszu, wracając do Jarosławia zatrzymał się w Krakowie, gdzie przedstawił trzeci projekt dotyczący budowy kościoła i klasztoru w nowej lokalizacji na terenie Krakowa. Ponieważ projekt ten został zaakceptowany od października 1594 Giovanni Brizio przebywał w Krakowie, kamień węgielny pod nową świątynię został poświęcony 23 czerwca 1597. Przez dwa lata kierował budową zaprojektowanego zgodnie z założeniami Giovanniego de Rossis kościoła św. Apostołów Piotra i Pawła. Na przełomie 1598 i 1599 wyjechał na krótko do Nieświeża, nadzór nad trwającymi tam i w Krakowie budowami powierzył Janowi Marii Bernadoniemu.