Po wybuchu wojny obronnej w 1939 został dowódcą oddziału zbierania nadwyżek 8 pac, liczącego ok. 300 żołnierzy. Zgodnie z planami piątego dnia mobilizacji miał on być przewieziony do Ośrodka Zapasowego Artylerii Ciężkiej nr 4 w Przemyślu. W sytuacji niekorzystnego rozwoju wydarzeń wojennych kpt. Józef Baran 4 września zdecydował przedostać się do Przemyśla. Jednakże tylko połowa żołnierzy była uzbrojona. W trakcie marszu z jego oddziału zdezerterowało ok. 150 żołnierzy, głównie pochodzących z mniejszości narodowych. Józef Baran ostatecznie postanowił iść na pomoc oblężonej Warszawie. 18 września dotarł do skraju Puszczy Kampinoskiej, gdzie oddział został rozwiązany. Pojedynczy żołnierze na własną rękę mieli przedzierać się do stolicy lub Modlina. W nocy z 20/21 września kpt. Józef Baran wraz z 13 żołnierzami przedostał się do Modlina, obejmując dowództwo 2 baterii 8 pułku artylerii lekkiej. Za waleczność został odznaczony Krzyżem Walecznych. Po kapitulacji twierdzy 28 września dostał się w niewoli niemieckiej i został osadzony w obozie jenieckim Soldau (KL) w Działdowie.