W kolejnych latach państwo znacznie ograniczyło subwencje na edukację, co pogorszyło warunki kształcenia, chociaż fakultet medyczny nie podzielił losu wielu instytucji naukowych i nie został zamknięty, jednakże przez kolejnych kilka lat przeżywał znaczne trudności. Dopiero w 1924 roku przywrócono mu finansowanie państwowe. Rozwój przyszedł pod koniec lat dwudziestych i w latach trzydziestych XX wieku, głównie dzięki wykwalifikowanej kadrze naukowej, która uczyniła z fakultetu jeden z wiodących ośrodków nauk medycznych w Związku Radzieckim. Wydział podniósł poziom opieki medycznej, poprzez współpracę ze szpitalami i ośrodkami zdrowia, nie tylko w samym Smoleńsku, ale także w pobliskich miastach, m.in. Witebsku, Homlu i Briańsku. 18 kwietnia 1930 roku, decyzją władz państwowych, wydział medyczny uzyskał samodzielność i został przekształcony w Smoleński Państwowy Instytut Medyczny (ros. Смоленский государственный медицинский институт). W 1935 roku kadra naukowa liczyła 125 osób – 21 profesorów, 11 docentów, 83 asystentów i 10 innych wykładowców. W 1941 roku na dwóch wydziałach (leczniczym i pediatrycznym) naukę pobierało 2600 studentów, co czyniło instytut jednym z największych w kraju. Po agresji niemieckiej na ZSRR w czerwcu 1941 roku instytut, wraz z wyposażeniem i częścią kadry naukowej, został ewakuowany do Saratowa.