Na ścianie po lewej stronie ołtarza widnieje polichromia błogosławionego abp Bogumiła jednego z patronów diecezji włocławskiej. Natomiast po prawej stronie przedstawiona została polichromia błogosławionego bp. Michała Kozala, męczennika z obozu w Dachau i patrona miasta Włocławka. W lewym kącie prezbiterium umieszczony jest posąg Najświętszej Maryi Panny, natomiast w prawym Świętego Józefa Oblubieńca.
W roku 2016, w związku z budową marmurowego ołtarza, dokonano gruntownego remontu prezbiterium. Odnowiono polichromię ścian prezbiterium, elementów ołtarza głównego, obrazów oraz posągów. Dotychczasową zabytkową ambonę powieszono na ścianie świątyni od strony zakrystii, a pod nią umieszczono odrestaurowaną barokową chrzcielnicę z XIX wieku. Po lewej stronie prezbiterium zawisł obraz Chrystusa Dobrego Pasterza, natomiast po prawej stronie zabytkowy krzyż, znaleziony podczas remontu kościoła w roku 1992. Najprawdopodobniej krzyż ten był elementem pierwotnego ołtarza głównego.
Na ścianie tuż obok kaplicy Matki Bożej namalowany został obraz świętego Jana Pawła II.