Prawie 70% terenu parku pokrywa tajga. Dominują lasy sosnowe, często z domieszką modrzewi. Stoki gór nad jeziorem są pokryte stopniowanym lasem sosnowym z domieszką modrzewia. Na szczytach górskich dominuje las sosnowy: sosna syberyjska oraz syberyjskie lasy sosnowe-jodłowe. W dolinach górskich z kolei świerk i lasy świerkowo-modrzewiowe. Wśród drzew liściastych zaś najbardziej rozpowszechnione są brzozy i osiki.
Szczególnie cenne obiekty przyrodnicze Na terenie Nadbajkalskiego Parku Narodowego znajdują się 42 szczególnie cenne obiekty przyrodnicze: