Większość rzek to górskie strumienie o długości około 10 km. Oprócz nich występują tu także duże rzeki: Gołoustnaja (122 km), Anga (90 km), Buguldejka (80 km), Sarma (56 km) i Duża Polowinnaja (25 km). W całym parku istnieje około 150 potoków a 60 z nich wpływa bezpośrednio do Bajkału.
Klimat Park znajduje się w strefie klimatycznej, która jest łagodniejsza będąc pod wpływem ogromnej masy wody jeziora Bajkał, z najwyższym poziomem wilgotności i opadów deszczu w regionie. Średnia temperatura stycznia wynosi -18 °C, w lipcu i sierpniu od 11°С do 14 °C, a średnia roczna temperatura wynosi +1,9 °C. Opady deszczu na wybrzeżu wynoszą do 370 mm, w górach zaś od 400 do 500 mm.
Fauna Fauna obszaru południowo-zachodniego i zachodniego Bajkału jest bardzo charakterystyczna i zróżnicowana. Żyje tu 380 gatunków kręgowców: 59 ssaków, 272 – ptaków, 6 – gadów, 3 – płazów, 40-gatunków ryb i duża liczba różnych owadów, pająków i mięczaków.