18 marca 1919 roku batalion, już jako „V batalion saperów” w składzie 3 kompanii i dowództwa odszedł na Front Ukraiński, do obrony Lwowa.
Czwarta kompania pozostała w Krakowie, jako "kadra batalionu". Do połowy września 1919 pełniła służbę wartowniczą w garnizonie. Następnie od września do drugiej połowy lutego 1920 roku prowadziła roboty leśne w Tatrach. Budowała baraki w Zaskalu, Jaszczurówce i Zakopanem. Po ukończeniu prac w Tatrach, zaopatrzeniu się i wyekwipowaniu w Krakowie, odeszła w połowie marca 1920 na Front Wołyński, do grupy pułkownika Józefa Rybaka„Zarys historii wojennej pułków polskich 1920 – 1922” 5 Pułk Saperów str. 4 – 13.
15 lutego 1920 V batalion saperów został przemianowany na VI batalion saperówRozkaz Ministra Spraw Wojskowych Nr 6415/Org. z dnia 29 stycznia 1920 roku.. W skład nowo utworzonego batalionu weszły: dawna 2/V batalionu saperów pod dowództwem porucznika Oswalda Ungera, jako 1 kompania oraz dawna 3/V batalionu saperów pod dowództwem porucznika Jana Gicali jako 2 kompania. Dowódcą batalionu został mianowany kapitan Gustaw Stankiewicz. 3 kompania VI batalionu saperów została utworzona 1 lutego 1920 przy batalionie zapasowym saperów nr V w Krakowie i zakwaterowana w koszarach barakowych w Przegorzałach pod Krakowem. Dowódcą kompanii był porucznik Steckiewicz.