Po zwycięstwie i uzyskaniu 123 mandatów w 250-osobowym Zgromadzeniu Narodowym nowym premierem został Mirko Marjanović. W 1996 po wyborach lokalnych pod adresem SPS wysuwano zarzuty fałszerstw wyborczych. Na skutek protestów społecznych władza uznała w 1997 swoją porażkę w różnych miejscowościach, w tym w Belgradzie. W tym samym roku do wyborów parlamentarnych socjaliści przystąpili w sojuszu z marksistowską Jugosłowiańską Lewicą (partią Mirjany Marković, żony Slobodana Miloševicia) i Nową Demokracją. Główne partie opozycji (z wyjątkiem SPO) zbojkotowały te wybory. Mirko Marjanović z SPS pozostał na czele rządu, współtworzonego również przez nacjonalistycznych radykałów.
24 września 2000 przeprowadzono wybory samorządowe, parlamentarne na szczeblu federalnym, a także wybory na urząd prezydenta Federalnej Republiki Jugosławii. Zdecydowane zwycięstwo odniosła w nich zjednoczona pod szyldem DOS opozycja. Jej lider, Vojislav Koštunica, pokonał Slobodana Miloševicia w wyborach prezydenckich. Władze nie zamierzały uznać tych wyników, ostatecznie po wielotysięcznych protestach i zajęciu budynków rządowych przywódca socjalistów ustąpił 5 października 2000.