Podległość, nadzór i kontrola Bezpośrednie zwierzchnictwo generalne, w imieniu Ministra Obrony Narodowej stanowiącego dla ośrodka organ tworzący podmiotu leczniczego, a także nad ośrodkiem jako jednostką organizacyjną wojska, pełni dyrektor Departamentu Wojskowej Służby Zdrowia MON.
Natomiast nadzór operacyjny nad działalnością pionów wojskowych inspekcji: sanitarnej, weterynaryjnej i farmaceutycznej pełnią powołani w ramach Departamentu odpowiednio: Główny Inspektor Sanitarny Wojska Polskiego (lub w jego imieniu Szef Wojskowej Inspekcji Sanitarnej — Zastępca Głównego Inspektora Sanitarnego Wojska Polskiego), Szef Służby Weterynaryjnej - Inspektor Weterynaryjny Wojska Polskiego i Naczelny Inspektor Farmaceutyczny Wojska Polskiego (lub jego zastępca).
Niezależnie od tego, ze względu na posiadane statusy ośrodek podlega dodatkowo kontroli organów rejestrowych: jako zakład leczniczy dla zwierząt − organów właściwej okręgowej izby lekarsko-weterynaryjnej, jako podmiot leczniczy − właściwego wojewody, a jego medyczne laboratorium diagnostyczne − dodatkowo kontroli organów Krajowej Izby Diagnostów Laboratoryjnych.