¹ – UPZ tylko w EP09-002 ² – Pierwsze podparcie pudła tego typu zastosowano przy odbudowie EP09-001 po wypadku

Od 2007 prowadzone były, przy okazji naprawy głównej, modernizacje EP09 w ZNLE/Newag Gliwice. Pierwszymi unowocześnionymi lokomotywami były EP09-007 i 008. W ramach małej modernizacji otrzymały połówkowe odbieraki prądu typu Stemmann, ulepszoną sprężarkę oraz klimatyzację kabiny, w egzemplarzu 008 zabudowano także nowe reflektory halogenowe.

Od 2011 następuje kolejny etap modernizacji; montowane są nowsze pulpity sterownicze, urządzenia GPS, GSM oraz miejsce na ETCS, dodatkowa sprężarka powietrza, modernizacja lub instalacja klimatyzacji, modernizacja przetwornicy i systemu łączności. Przy okazji kolejnych napraw wymieniano układ hamulcowy, montowano dodatkowy układ osuszania powietrza oraz elektroniczny prędkościomierz. Lokomotywy po tych unowocześnieniach opuszczają gliwickie zakłady jako typ 104Ec.

Eksploatacja