Kabina maszynisty mały|Kabina maszynisty EP09 według projektu Politechniki Wrocławskiej Lokomotywa ma dwie kabiny maszynisty (oznaczone jako A i B), po jednej na każdej ścianie czołowej. Zastosowano dwa projekty pulpitów: prototyp otrzymał panel sterowniczy stworzony przez Politechnikę Wrocławską, drugi egzemplarz – przez OBRPS. W 1988 pod względem ergonomii wyżej oceniono pulpit Politechniki Wrocławskiej i to on został zastosowany w pozostałych lokomotywach serii EP09. Od pierwszych egzemplarzy wprowadzono ogrzewanie z nagrzewnic elektrycznych. Ostatnie 10 lokomotyw otrzymało dodatkowo klimatyzatory kabin. Dwuczęściowe okna w ścianie przedniej mieściły wielowarstwowe, podgrzewane elektrycznie szyby.
W drugiej EP09 zainstalowano układ prędkości zadanej (UPZ), mający ograniczyć do minimum obsługę lokomotywy. Maszynista miał jedynie wybrać prędkość jazdy oraz ustawić siłę rozruchu. Wprowadzenie UPZ spowodowało zmianę oznaczenia typu na 104Ea. Po serii testów zrezygnowano jednak z tego rozwiązania.