W 1936 roku Zygmunt Szatkowski został awansowany na majora. Przywrócony do służby, został przydzielony do 23 Górnośląskiej Dywizja Piechoty, gdzie służył najpierw w 73 pułku piechoty, a następnie jako I oficer sztabu Dywizji. W 1938 roku został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi. Przed wybuchem II wojny światowej został przeniesiony do Warszawy, do pracy w Departamencie Dowodzenia Ogólnego Ministerstwa Spraw Wojskowych. W 1939 roku przebywał na misji wojskowej w Paryżu. Do Polski powrócił tuż przed wybuchem II wojny światowej.
Podczas kampanii wrześniowej brał udział w walkach, m.in. pod Chełmem pełniąc obowiązki kwatermistrza Armii „Lublin”. W dniu 20 września 1939 roku w lasach koło Katowic dostał się do niewoli niemieckiej. Większość wojny spędził jako więzień Oflagu VII A Murnau. Po oswobodzeniu z obozu w 1945 roku wstąpił do 2 Korpusu Polskiego. Jako żołnierz tej jednostki został zdemobilizowany w 1946 roku.
Po zakończeniu wojny wraz z żoną przebywał w latach 1946–1957 w Wielkiej Brytanii, gdzie pracował na farmie Troswell w Kornwalii. W 1957 roku oboje powrócili do Polski i zamieszkali w Górkach Wielkich. Zygmunt Szatkowski zajął się wówczas pracą literacką, pisząc przedmowy do utworów żony.