Przed ustaleniem ostatecznego stylu rozgrywki rozważali różne rodzaje mechaniki gry, takie jak przydzielanie graczowi zadań do wykonania oraz udostępnienie twórczych narzędzi.
W 2011 roku podczas festiwalu IndieCade produkcja otrzymała nagrodę „Best Audio”, a w 2012 roku na Independent Games Festival była nominowana do nagrody „Nuovo Award”. Krytycy przyjęli obie wersje gry pozytywnie, chwaląc szczególnie wykorzystywane w nich dźwięki, choć długość rozgrywki i jej atrakcyjność przy kolejnych podejściach były uznawane za słabe punkty. Odbiorcy kwestionowali status Proteusa jako gry komputerowej, nazywając ją często „antygrą”.
Rozgrywka W Proteusie gracz porusza się po wyspie przedstawionej w pixelartowym stylu graficznym, obserwując środowisko gry z perspektywy pierwszej osoby. W świecie gry generowane są m.in. wzgórza, drzewa, różne budynki oraz zwierzęta takie jak żaby czy króliki, a ich układ zmienia się za każdym razem, gdy rozpoczynana jest nowa rozgrywka. Rozgrywka skupia się bardziej na zwiedzaniu niż interakcji. Wpływ gracza na środowisko jest niewielki (np. gdy podejdzie on do jakiegoś zwierzęcia, może ono od niego uciec). Oryginalnym rozwiązaniem jest generowanie unikalnej ścieżki dźwiękowej w zależności od poczynań gracza – np.