Do dwunastego roku życia Jonten Gjaco przebywał pod opieką bliskich, a jego edukacją zajmowali się tybetańscy nauczyciele. W 1601 wraz z silną eskortą uzbrojonych, mongolskich żołnierzy udał się do Lhasy, gdzie dokonano oficjalnego rozpoznania. Wtedy też jego mentorem został panczenlama Lobsang Czokji Gjalcen.
W wyniku trwających od dłuższego czasu zaburzeń i związanej z tym rywalizacji pomiędzy zwolennikami poszczególnych buddyjskich tradycji szybko doszło do zatargów pomiędzy koczującymi pod Lhasą kawalerzystami, a zwolennikami linii karma kagju. Pretekstem do walki był list gratulacyjny VI Szamarpy, w którym dopatrzono się ukrytej zniewagi. Interwencja wspierającego kagjupów władcy Tsang zmusiła mongolski oddział do opuszczenia kraju.
IV Dalajlama zmarł w 1617 w wieku niespełna 28 lat i chociaż nie znaleziono na to żadnych dowodów, podejrzewa się jego otrucie.
Współczesna tybetologia podkreśla negatywne skutki religijnej afiliacji gelugpów z rodziną Ałtan-chana.