Kunszt wykonania tych prac ugruntował jego pozycję jako mistrza miniatur. W latach 1551–1553 Clovio pracował we Florencji, na dworze księcia Kosmy I, gdzie namalował m.in. miniaturę przedstawiającą żonę władcy Eleonorę z Toledo oraz podobiznę Chrystusa na podstawie starożytnego wizerunku należącego do Gotfryda z Bouillon, króla Jerozolimy i miniaturę Ukrzyżowanie z Marią Magdaleną.
Około 1568–1569 Clovio namalował portret króla hiszpańskiego Filipa II na zamówienie wicekróla Mediolanu. Portret spodobał się władcy, który zaprosił go do Hiszpanii, gdzie właśnie trwały prace przy bibliotece w Escorialu. Stary już mistrz skorzystał z zaproszenia, ale nie był w stanie podjąć się nowych zleceń. Z tego okresuW 1569 według pochodzi obraz El Greca Portret Giulia Clovia, który spotkał się z mistrzem jeszcze podczas swojego pobytu w Rzymie. Jego podobiznę uwiecznił również w obrazie Wypędzenie przekupniów ze świątyni.
Giulio Clovio powrócił do Rzymu, gdzie zmarł 5 stycznia 1578 roku. Jego grób, na którym widnieje napis „Pictor de Croatia”, znajduje się w bazylice św. Piotra w Okowach. Giorgio Vasari bardzo wysoko cenił prace Clovia i w swoich Żywotach...